В 1919 году был основан Центральный госпиталь скорой помощи (частная больница доктора Б. М. Кольмейкера), переименованный в 1925 году в Больницу скорой помощи им. Е. П. Первухина. 1 февраля 1932 года был основан Научно-практический институт скорой помощи, первым директором которого стал М. А. Мессель, а научным руководителем И. И. Джанелидзе, остававшийся на этом посту до самой смерти в 1950 году. Было создано три отделения — неотложной хирургии (175 коек), неотложной терапии (25 коек) и социальной патологии. В 1946 году по инициативе Иустина Ивлиановича Джанелидзе в институте создали ещё одно отделение — ожоговое[2].

В годы Великой Отечественной войны институт был фактически военным госпиталем. Несмотря на Блокаду, он не прекращал своей деятельности: помимо лечебной работы, занимался и научной работой[3].
В апреле 1945 года институт получил новый статус и стал называться Ленинградским научно-исследовательским институтом скорой помощи.
В декабре 1950 года Научно-практическому институту было присвоено имя И. И. Джанелидзе.

С 1951 года институт начал заниматься изучением острого холецистита и острого панкреатита.

В 1957 году институт начал заниматься проблемами травматического шока, а в 1959 году в нём появилась анестезиологическая служба.

В 1982 году в институте была создана первая в стране клиника сочетанной травмы.

В течение 9 лет с 1977 года по 1986 год велось строительство нового (нынешнего) здания в Купчино, так как в старом (П.С., Большой пр., д. 100) уже не хватало места (всего 250 коек), кроме того оно было чрезвычайно тесным и неудобным, а была необходимость расширения материальной базы, так как институт был головным учреждением по лечению травм и шока во всей стране. В июле-августе 1986 года подразделения института переехали в новое здание.

Во времена СССР в названии Института было слово «профессора»: «имени профессора И. И. Джанелидзе».

В 1998 году директором института стал С. Ф. Багненко и была проведена реорганизация: восстановлен закрытый ранее научно-методический отдел скорой помощи и

В 2000 году основан журнал «Скорая медицинская помощь».

В 2001 году в Институте создано учебное отделение в составе научно- методического отдела организации скорой помощи.

В 2002 году был создан Балтийский центр телемедицины, в 2004 году — отдел информационных и телекоммуникационных технологий.

В 2013 году создан учебный отдел, в состав которого входит учебный центр, отделение аспирантуры, ординатуры и интернатуры.

С 2015 года в НИИ скорой помощи им. И. И. Джанелидзе для пациентов с поражением центральной нервной системы работает отделение медицинской реабилитации[4][5].